Từ năm 2016 anh làm huấn luyện viên trưởng câu lạc bộ Hà Nội T&T, thay cho Phan Thanh Hùng. Tuy nhiên sau 4 trận đầu tiên câu lạc bộ thua 3 hoà 1 và chưa thắng trận nào.

Sau khi nhường ghế HLV trưởng cho trợ lý Chu Đình Nghiêm, anh chuyển sang huấn luyên đội bóng từ hạng thấp hơn là Câu lạc bộ bóng đá Hà Nội B (nay là đội bóng Câu lạc bộ bóng đá Hồng Lĩnh Hà Tĩnh). Mùa giải 2018, Hà Nội B thi đấu ở Giải bóng đá hạng nhất quốc gia 2018 và đứng thứ 2 sau 18 vòng đấu, chỉ cách Câu lạc bộ bóng đá Viettel có 10 điểm. Trong trận đấu Play-off với Nam Định F.C., đội bóng của anh thất bại với tỉ số 1-0. Sau thất bại đó, đội bóng này đã chuyển tên thành Câu lạc bộ bóng đá Hồng Lĩnh Hà Tĩnh và chuyển về Hồng Lĩnh làm SVĐ. Tại mùa giải 2019, đội bóng thể hiện sự quyết tâm và sau 22 vòng đấu, đội bóng đứng đầu Giải bóng đá hạng nhất quốc gia 2019 với 53 điểm, hơn đội đứng thứ 2 là Câu lạc bộ bóng đá Phố Hiến tới 13 điểm và giành vé vào V-League 2020.